Обмотка ЛФТИ
Во время ремонта на неё установили обмотку ЛФТИ, которая защищала корабль от магнитных мин. Ситуация на фронте продолжала ухудшаться, и 31 августа «Красное Знамя» отправили в Выборгский залив. В тот же день она вновь обстреливала наступавшие немецкие части. Канонерка поддерживала войска 1, 4 и 8 сентября. После этого, командование КБФ срочно вызвало её в Ленинград, к которому подошли немецкие части. Канлодку включили в состав отряда кораблей Невы. Каждый корабль теперь был на счету, от точности их артиллерийского огня теперь зависела судьба «колыбели революции». До конца 1941 г, она выполнила 136 стрельб по заказам обороняющихся частей. Именно корабли КБФ помогли защитникам города отстоять город и не допустить его штурма. За полгода войны артиллерией «Красного Знамени» было уничтожено шесть и подавлено 11 батарей противника, врагу был нанесён большой ущерб в живой силе и технике, сбито три самолёта. Для зимовки ей была выделена позиция на Неве в районе деревни Новосаратовка, напротив завода «Большевик».
Его территорию постоянно обстреливала немецкая артиллерия. Несколько раз «доставалось» и Буксировка «Красного Знамени» в Кронштадт, ноябрь 1943 г. «Красному Знамени». Лодку отремонтировали, все повреждения устранили, исправили обмотку ЛФТИ. Во время ремонта на ней усилили средства ПВО — установили полученный по ленд-лизу счетверённый 12,7-мм пулемёт «Виккерс». Первая блокадная зима была очень суровой, и морякам канлодки приходилось переносить все тяготы и лишения вместе с жителями Ленинграда. Летом на лодку пришёл новый командир — капитан 2 ранга П.Д. Арсеньев. Ситуация под Ленинградом стабилизировалась, и корабль в ночь на 12 июля перевели в Кронштадт. При следовании Морским каналом «Красное Знамя» попало под обстрел противника.